患者***，男，19岁。以发热、腹痛、头痛、乏力一周入院。患者于入院前一周开始发热，体温39℃，入院时温度高达40℃，伴腹痛，轻度腹泻，呈稀糊状，每日2～8次。无恶心、呕吐，有时头痛、轻咳、不思饮食，精神不佳。当地医院诊断为上呼吸道感染，曾给青霉素、红霉素、氯霉素静脉滴注，病情未见好转。治疗一周后，高热仍不退，上述症状无缓解，即来本院诊治，以高热待查入院。化验检查：白细胞总数3.4×109/L。中性粒细胞为64%，淋巴细胞为36%。查体：体温40℃，脉搏96次/分，神志清，表情淡漠，胸前皮肤可见少量玫瑰疹，心肺无异常。腹软，肝大肋下1.5cm，剑突下2cm，质软，于肋缘下刚触及，病理反射未引出，血培养阴性；肥达反应（患病一周末）：伤寒“O”凝集价1∶640，伤寒“H”凝集价1∶320，甲、肖氏副伤寒杆菌“H”凝集价均阴性。问：1.该患者初步诊断是什么？根据是什么？2.为何血培养阴性？3.对该患者如何进行病原学检查？