肝内胆管结石的诊断并不困难，一般超声检查即能有较好的提示。
但是对于其治疗来说需结合CT、MRI等检查来综合评估，以了解结石是分散分布还是局限分布，具体的分叶以及分段的位置，是否肝内、肝外胆管都有结石，以及结石的大小、多少和结石的形状，肝内胆管有无狭窄或扩张等。

有明显临床症状的肝胆管结石需要治疗，而对于症状不明显的静止型结石是否需要治疗，目前尚无统一说法。

另外肝内胆管结石的治疗也一直是胆道外科中的难题，其治疗原则一般包括：解除梗阻、祛除病灶、取尽结石、通畅引流。但由于病变情况的复杂性，往往存在很多困难。而目前随着微创技术的发展和影像学水平的进步，肝内胆管结石的治疗手段趋于精准化、多元化。肝部分切除术仍是肝内胆管结石最主要的治疗方法，胆肠吻合术、胆道切开取石+T管引流术、内镜等是重要的辅助手段。