两阶段用药法是根据实践经验和科学实验中发现的事实而提出的，是一种将抗结核化疗全程分为强化和巩固两个治疗阶段的用药方法，又称之为二步治疗。两阶段用药法的理论基础是在强化期抓住结核菌大量繁殖、药物最能发挥杀菌效能的有利时机，采取强有力的化疗方案，尽快地杀死繁殖期菌群，使菌量急剧减少，可防止或减少继发性耐药菌的产生，还有可能杀灭可能存在的原发耐药菌及自然突变耐药菌。多年来的实践证明，开始治疗时杀菌效果愈大，以后产生顽固菌的机会愈小，复发率愈低。而巩固期则主要针对病状内仍残留的少数代谢低下或半静止状态的结核菌，这部分细菌相对比较顽固，因此该期的化疗所需时间明显长于强化期。与过去的用药方法相比，两阶段用药法的疗效更高、药物的不良反应更少，费用上更加节省。

一般情况下，肺结核病强化期为2个月，巩固期4个月。重症肺结核或肺外结核，疗程应延长。具体应根据临床医生制订的疗程来定。所有结核病人，均应完成疗程，不应过早停药，以降低复发率及耐药率。