致病的微生物(如细菌、病毒、真菌等)直接侵入血液,可导致心室壁内膜、心脏瓣膜和大动脉内膜的炎症病变。致病菌首先通过破损的皮肤黏膜侵入血液,造成皮肤黏膜破损的原因主要通过手术操作(在牙龈和牙周组织出血时拔牙、扁桃体切除术肠胃道和呼吸道手术或内镜检查、膀胱和泌尿系统手术或检查、妇产科手术操作等),以及随着各种新技术的应用(介入治疗等)都可能增加致病菌侵入血液而致病。正常人的口腔、咽喉部经常聚集一些细菌(如草绿色链球菌、流感杆菌等),有时也可以进入血液,但因机体有能力抵抗它的侵入,不会引起疾病。如果心脏瓣膜有病变或心脏有先天性缺损,病菌容易在这些地方生长繁殖,最常见的是人工瓣膜置换、紫绀型的先天性心脏病、动脉导管未闭、二尖瓣病变,以及心室间隔缺损的病人等;其次为二尖瓣脱垂综合征、单纯二尖瓣狭窄、三尖瓣病变、二叶式主动脉瓣病变等;最后为心房间隔缺损、肥厚型心肌病、退行性瓣膜病变,以及冠心病等。近年来发现感染性心内膜炎病人原来无心脏病的越来越多见,尤其是静脉注射麻醉药成瘾者(吸毒者)多见。按起病的缓、急和严重程度把感染性心内膜炎分为急性感染性心内膜炎和亚急性感染性心内膜炎两种,有时两者很难截然分开。