乙型肝炎是一种相对自限性疾病，所以在治疗上应强调隔离、休息、合理饮食、适当营养、注意对症，用药要保肝不伤肝。应因地制宜，结合有效的治疗经验，选择1～2种（剂）中西药物，以促进肝细胞修复。病初消化道症状较重，尿量减少，兼有黄疸者可适当静注葡萄糖；黄疸迅速加剧者可用胰岛素，警惕向重症肝炎发展。一般情况下对急性乙肝不宜应用肾上腺皮质激素。一般来说，目前治疗乙肝药物可分为三大类：
第一类治疗乙肝的是清除病毒药物：如本草甘蒂慢肝宁，以及注射类药物干扰素、单磷酸等。
第二类治疗乙肝的是调整免疫药物：慢性肝炎的一个重要发病机制是免疫失调，所以用药物来帮助调整免疫有时也会收到良好的效果，如胸腺肽（胸腺因子D），左旋咪唑涂布剂、猪苓多糖、苦参素、冬虫厦草的各种制剂、华蟾素、强力宁和甘利欣（甘草甜素）、葫芦素片、肝必复等。
第三类治乙肝的是保护肝细胞，促使肝细胞再生的药物，如促肝细胞生长素，肌苷、阿卡明、齐墩果酸、垂盆草、水飞蓟、维生素及微量元素等，治疗乙肝可选择1-2种应用，肝炎灵针（山豆根）对降转氨酶的效果还是好的，王味子制剂和联苯双脂仅对长期谷丙转氨酶升高，其他肝功能化验正常，乙肝病情较轻的病人可考虑使用，有黄疸或蛋白例异常和急性肝炎病人不宜应用。此外非药物的血光量子疗法对退高黄疸的疗效还是比较确切。
另外，对于“大三阳”慢性乙肝患者，必需进行清除病毒、保肝和抗纤维化治疗。以使病毒复制迅速得到抑制，减少肝细胞损害，减轻肝纤维化，从而阻断肝硬化的发生。即使乙肝病人不是“大三阳”但只要肝功能长期不正常，或已有肝硬化的早期表现，仍需清除病毒的治疗。可应用对病毒有直接抑制作用的药物，也可应用免疫调节药物，通过强化机体免疫功能而抑制病毒。
对于“乙肝小三阳”患者，应区别情况具体对待。如果经过一次肝炎发作或经正规清除病毒治疗，由“大三阳”转为“小三阳”，常意味着乙肝康复；但如果血清中病毒基因仍高，肝功能异常，常说明病毒变异。在我国慢性肝炎病人中70%左右有这种变异现象。由于这种变异病毒逃避免疫监视，常易发展为慢性重症肝炎，与肝硬化、肝癌的关系更为密切。对于这种乙肝病人的治疗类似于前述的“大三阳”慢性乙肝，但治疗往往更困难，常需几种药物联合治疗；对于家族中有肝癌史、年龄35岁以上男性“乙肝小三阳”患者，有主张定期进行抗病毒或免疫调节治疗，以预防肝癌发生。
对于已有肝硬化的患者，应立足于抑制病毒、抗纤维化等治疗。以减轻肝损害，阻止向失代偿发展。核苷酸类长期应用具有抑制作用；定期应用小剂量干扰素，可预防肝癌。