大多数婴幼儿的巨细胞病毒感染发生在出生后，其中多数免疫功能较正常的孩子感染后不会出现临床症状，但少数免疫功能低下者则会因巨细胞感染而生病，表现为肝炎、肺炎、肾炎、胃肠炎和全身多脏器功能受损。肝损害是巨细胞病毒感染最常见的表现，至少半数感染婴儿出现肝功能异常。巨细胞病毒肺炎也很常见，孩子可以出现发热、咳嗽和喘憋等症状。
婴幼儿感染巨细胞病毒后，无论是否出现症状，在化验检查时都会检测到巨细胞病毒抗体阳性。巨细胞病毒抗体分为IgG抗体和IgM抗体。IgG抗体阳性是既往感染的标志，而IgM抗体阳性则为现症感染者。所以，如果只检测出巨细胞病毒的IgG抗体，一般没有什么问题。即便是巨细胞病毒IgM抗体阳性，只要孩子没有什么症状，则多数是无症状的感染者，没有太大问题。巨细胞病毒感染也可能通过检测病毒核酸来诊断。如果巨细胞病毒的DNA或mRNA阳性，则肯定属于现症感染。在出生后2周内检测出巨细胞病毒感染，一般属于先天性感染，3～12周，则是围产期被感染，一般12周以上检测出巨细胞病毒感染，为出生后被感染。现症感染者如果有症状或者检测出肝功能异常，则应在医生的指导治疗。