咳嗽是一种突然的、爆发式的呼气运动，有助于清除气道内的分泌物或异物，其本质是一种保护性反射。
当出现急性上呼吸道感染后，分布于鼻、咽、喉、气管的感觉神经末梢受到局部炎性渗出物的刺激或者由于感觉神经末梢因为炎症损伤而导致敏感性增加而产生咳嗽。
鼻涕可以通过后鼻道回流到咽后壁，而出现咽部异物感、咽痒症状，从而产生清嗓动作或者咳嗽。夜间由于咽喉部神经敏感性下降，鼻咽部分泌物可以随着呼吸运动而流入气管，清晨醒后往往咳嗽比较明显，当咳出痰液后咳嗽减轻。
急性上呼吸道感染后期，鼻咽部黏膜上皮细胞恢复，分泌物减少直至消失。部分患者由于损伤的感觉神经末梢还处于致敏状态，所以还会有持续一段时间的干咳。平常时间受到冷空气或者烟雾刺激不会出现的咳嗽，在这期间也会出现。