中医认为，五更泻的主要原因是命门（肾）火衰。因为五更时分正是人体阴气最盛，阳气未复，此时肾阳不足，命门火衰，阳气发不出来，无法温煦脾胃，出现腹泻腹痛，伴随手脚冰凉、腰膝酸软、神疲乏力等症状。
临床上，五更泻以温补命门、兼温脾阳为治则。选择命门、百会、长强、八髎、肾俞、大肠俞、中脘、气海、关元、神阙等穴位。按摩手法主要以按法、摩法、揉法、拨法、搓法、推法为主。
具体操作手法如下：
1、温补命门法。患者俯卧位，术者双掌交替沿督脉长强穴向上推至命门穴，重复8-10遍。接着，手掌交替搓八髎穴，以腰骶部感觉发热为度。
2、温阳固涩法。患者俯卧位，术者双拇指重叠沿足太阳经分别弹按拨两侧大肠俞、肾俞穴，每穴约1分钟。然后双手掌重叠，以劳宫穴对住命门穴，沿顺时针方向按揉3-5分钟，以热感传到腹部为宜。
3、升阳止泻法。患者仰卧位，双拇指分别点揉百会穴以感觉传至腹部为宜。接着，单拇指按揉中脘、气海、关元穴，每穴约1分钟。
以上方法，每天一次，连续10天为一疗程，手法要以患者能忍受为度，长期坚持下来，对治疗五更泻会有很好的疗效。同时可辩证口服四神丸、附子理中丸、金匮肾气丸等。