妊娠期抗生素的应用需考虑药物对孕妇和胎儿两方面的影响。
对胎儿有致畸或明显毒性作用的药物，如四环素类、喹诺酮类等，妊娠期应避免应用。对孕妇和胎儿均有毒性作用的药物，如氨基糖苷类、万古霉素、去甲万古霉素等，妊娠期应避免应用；确有应用指征时，须在血药浓度监测下使用，以保证用药安全有效。妊娠期感染应使用药物毒性低、对胎儿及孕妇均无明显影响、也无致畸作用的药物，如青霉素类、头孢菌素类等β内酰胺类等。
美国食品药品管理局(FDA)按照药物在妊娠期应用时的危险性分为A、B、C、D及X类。
A类：在孕妇中研究证实无危险性，可供药物选用时参考，妊娠期可安全使用；
B类：在动物研究中无危险性，但人类研究资料不充分，或对动物有毒性，但人类研究无危险性，有明确指征时慎用；
C类：在动物研究中显示毒性，人体研究资料不充分，但用药时可能患者的收益大于危险性，在确有应用指征时，充分权衡利弊决定是否选用；
D类：已证实对人类有危险性，但仍可能收益多于危险性，应避免应用，但在确有应用指征、且患者收益大于可能的风险时，在严密观察下慎用；
X类：对人类致畸，危险性大于收益，禁用。
妊娠期感染者接受氨基糖苷类、万古霉素、去甲万古霉素、氯霉素、磺胺、氟胞嘧啶治疗时，必须进行血药浓度监测，据以调整给药方案。