第一阶段：在肛痿的第一个阶段，病人的肛隐窝，肛门瓣会有感染，发炎的情况，最开始会是局部的炎症情况，但如果这时候没有得到有效的治疗，那么炎症就会向肛门周围发展，从而给病人的身体带来更大是损伤，如果这时候能有效的控制疾病，病人很快就会被治愈。
第二个阶段：在肛痿的第二个阶段中，炎症会从局部开始扩散开，从而造成肛门直肠周围炎产生，如果这时候炎症还得不到抑制的话，那么久会进入到抗病能力比较低的组织间隙里面。而如果这个情况得到了控制，后续的治疗也就相对简单一些。
第三个阶段：由于肛门直肠周围的组织间隙的抗病力的减少，会有病菌进入其中，从而有扩散，繁殖的地方，这样就会让这里的组织更容易出现发炎情况，最终造成肛门直肠周围脓肿发生，而这种情况如果能在早期得到有效的处理，那么脓肿情况也会消散，而且治愈后会没有任何的后遗症存在，但如果耽误了早期的治疗，或者是处理不当，那么组织就会有坏死情况，脓液也会随着局部的间隙扩散掉，从而让疾病更加严重，更加复杂。
第四个阶段：在肛痿的第四个阶段中，肛门直肠周围会有脓肿破溃的情况，或者是切开引流换药之后，脓腔虽然小了，但溃疮却很长时间没有收口，这时候腔壁就会有结缔组织增生形成，这就是瘘道的出现，而脓液一般都是从痿道流出来的，从而会有反复感染，发作等情况，从而造成痿管发生。这便是肛痿最终的形成阶段，对于这个阶段在发病初期也应马上进行诊治。