在生理条件下，（low esophageal sphincter)，简称LES，在食管下端和胃连接处并不存在明显的括约肌，但在这一区域有一宽约1~3cm的高压区，正常人静息时LES压为10~30mmHg，比胃内压高5-10mmHg，成为阻止胃内容物逆流入食管的一道屏障，起到生理性括约肌的作用。LES通过肌间神经丛受到神经源性控制，肌间神经丛包含兴奋性（乙酰胆碱）和抑制剂（一氧化氮和血管活性肠多肽）神经元。 与LES相反，食管体没有静息张力，初级蠕动由非顺序同时中枢激活引发，并且被认为主要通过外周机制传播。当食物进入食管后，刺激食管壁上的机械感受器，可反射性的引起下括约肌舒张，允许食物进入胃内。食团进入胃后，食管下括约肌收缩，恢复其静息时的张力，可防止胃内容物反流入食管。

当食管下2/3部的肌间神经丛受损失，食管下括约肌不能松弛，导致食团入胃受阻，从而出现吞咽困难、胸骨下疼痛、食物反流等症状，称为贲门失弛缓症。

贲门失弛缓症的病理生理学涉及食管肌腱丛抑制性神经元的选择性退化，这是食管体平滑肌蠕动所必需的，也是LES松弛所致。 这种退化过程的病因在很大程度上是未知的。

病毒感染所致

一些病毒如水痘 - 带状疱疹、人类乳头状瘤和疱疹病毒已经引å起炎症反应。 通常，产生一氧化氮的神经元受到影响，而胆碱能神经元则不受影响。 最终导致LES不能正常放松，而且往往是压力过高。

自身免疫所致

还提出了一种自身免疫病因，有证据表明贲门失弛缓症患者血清中有针对肌间神经元的抗体。

寄生虫感染所致

除了特发性贲门失弛缓症外，还有其他类型的贲门失弛缓症继发于寄生虫感染，例如恰加斯病。这种疾病是由寄生虫 - 克氏锥虫（Quepanosoma cruzi）的感染引起的，后者侵入内脏器官，如心脏、大脑和胃肠道。 患者的平均年龄为33至50岁。寄生虫导致食管丛破坏与免疫反应相关。

继发性贲门失弛缓症的形式

假性贲门失弛缓症 - 是由恶性肿瘤引起的。食道癌可引起贲门失弛缓症类型的图像，多见于60岁以上的患者中，这些患者在短时间内有症状，并且明显体重减轻。除局部侵袭性癌症外，乳腺癌和小细胞肺癌可引起副肿瘤综合征，食管动力紊乱，可能继发于体液因子、神经元变性或异常神经传递。最后，贲门失弛缓症是Allgrove（三A）综合征的一部分，其特征是贲门失弛缓症、疟疾和肾上腺皮质功能不全。