最早期的Ⅰ期患者手术切除率为100%，局部复发比较罕见，复发率为3%。

Ⅱ期患者完全切除率为88%，当胸腺肿瘤突破包膜及侵犯纵隔脂肪组织时，局部复发和转移率高达11%。其中B2、B3型和胸腺癌复发率高。Ⅲ期患者完全切除率为50%，复发率为30%，通常需行诱导和辅助放化疗。
单纯手术不是ⅣA期患者的最有效治疗，完全切除率仅30%，复发率高达45%。近年来扩大手术范围及多学科治疗模式明显提高了ⅣA期患者的生存率，包括胸膜切除术、胸膜外全肺切除术(EPP)、全身或胸膜内化疗、光动力治疗及放疗。

胸腺瘤的平均复发时间为5年，其中Ⅰ期患者为10年，Ⅱ～Ⅳ期为3年。由于胸腺瘤患者10～20年还会出现复发，复发后手术可获得长期生存，故胸腺瘤患者应至少随访20年。

Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ期手术切除的患者5年生存率分别为93%、85%、65%、53%，10年生存率分别为90%、75%、56%、38%。A型到C型，患者的预后越来越差。大样本研究显示，A型、AB型、B1型生存率高于B2型和B3型，有明显差异;A型、AB型、B1型、B2型、B3型的5年生存率分别为100%、93%、89%、82%、71%，10年生存率分别为95%、90%、85%、71%、40%;胸腺癌的5年生存率为28%。

Wright等研究发现，肿瘤最长径≥8cm是一个可靠的预后因子。淋巴结阳性、大血管受侵、早期复发(＜40个月)也提示预后不良。也就是说，胸腺瘤的复发大部分不会在3年内复发，大部分复发较晚。

胸腺瘤的5年生存率和治疗效果要比同等大小的肺癌要强得多。

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