不是所有的胆道结石在CT中都能看到的，除了结石大小之外，结石的含钙量很重要，含钙量低或不含钙的结石在CT检查中不会被发现，这部分结石临床上也称之为“阴性结石”。
阴性结石一词首先运用于泌尿系结石，是指一些不含钙盐成分或者含钙量很少的结石在X线腹部平片上就看不到结石影像，因此称这种在X线下看不到“影”的结石叫为阴性结石。现在也使用到胆系结石，指的是患者有明显的胆系感染、胆道梗阻的症状，如发热、腹痛、黄疸等，但是通过常规的B超CT、MRCP等检查，无法发现的胆系结石。此类结石一般有两种，一种为胆固醇含量高，在CT等影像学检查时表现为类似胆汁密度，故难以发现，或类似软组织密度经验不足时与炎性改变难以区分；另一种为“微小结石”，即直径小于3mm的结石，一般的影像学检查往往出现漏诊。