乙肝病毒本身并不对肝细胞造成直接损伤。乙肝病毒感染后，侵入到肝细胞内，导致肝细胞的一些结构发生变化，机体对已发生变化的肝细胞产生免疫反应，从而引起肝细胞损伤。因此，乙肝病毒对肝细胞损伤主要是由机体的免疫系统清除反应引起的。

在严重的肝损害病例中，机体免疫系统甚至将没有被乙肝病毒侵犯的肝细胞也一同杀死(城门失火，殃及池鱼)，过激的免疫反应和炎性反应导致肝细胞坏死，出现血清转氨酶升高、黄疸、凝血障碍、肝功能衰竭等。

免疫功能正常的成年人，机体对感染乙肝病毒的肝细胞发生一系列的特异性免疫反应，随着病毒被逐步消除，逐渐痊愈。90%以上的成人感染乙肝病毒后能够自行清除，人体内不再有乙肝病毒残留。但是，幼年时期感染乙肝病毒后，因免疫系统还不成熟，容易发展为慢性。