功能性便秘的症状通常开始于两个时期之一，第一个时期通常为从母乳喂养向市售配方奶或添加固体辅食的过渡时期，这个时期患儿大便可能为表现为Bristol I或II类大便（如下图），并因此引起排便疼痛；第二个时期为幼儿学习排便时期，幼儿试图控制排便，但发现排便时疼痛不适而抑制排便行为，导致粪便储留，结肠吸收更多的水分，硬便形成，加剧排便时的疼痛。 婴幼儿和儿童会因为避免排便时的疼痛而克制排便欲望，产生恶性循环。

      排便频率受饮食、社会习惯、如厕训练、排便设施、家庭文化、每日活动等多方面的影响。在3月龄之前给予母乳喂养是防止功能性便秘的保护因素，而在6-12月龄给予母乳没有保护作用。对于幼儿，排便和排尿控制能力是一个逐渐成熟的过程，小于2.5岁的幼儿大多数未学会如厕排便，而4岁时98%的正常儿童可控制排便，这个过程无法通过尽早开始排便训练或是加强训练强度而加速。如果这段时间内看护人对患儿排便施加过大的压力，或采用不恰当的训练方式（如使用过高的马桶，患儿排便时足部不能着地，难以给腿部肌肉的发力提供足够的支撑），可导致粪便的储留。其他可引起排便疼痛或排便恐惧的病因包括，过敏性或感染性结肠炎、肛周感染、肛裂等等。