造成大便失禁的原因很多，主要分为器质性和功能性原因。器质性原因包括肛门直肠畸形、直肠脱垂、外伤或炎症导致的括约肌损伤、神经系统发育缺陷（脊髓脊膜膨出、脊髓栓系）或获得性神经系统损伤（格林巴利综合症、脊柱肿瘤结核）。这部分疾病首先需要针对原发病进行治疗。 

    而更为常见的病因是功能性疾病，主要包括与便秘相关的储留性大便失禁和非储留性大便失禁。与便秘相关的储留性大便失禁是由于直肠内干硬的巨大粪便蓄积，导致盆底肌肉疲劳，括约肌张力下降，当患儿睡眠、疲劳或排气时，稀粪便可沿粪块周围溢出肛门，部分看护人可能将大便失禁误以为是腹泻。针对这部分患儿首先应治疗便秘，随着便秘情况的好转，大便失禁的情况也能得到明显的缓解。  

    而非储留性大便失禁是指患儿无器质性疾病和粪便储留的情况下发生的大便失禁。大部分患儿在清醒状况下出现大便失禁，失禁的粪便量或多或少。通常这些患儿会将大便完全排空，而不想功能性便秘患儿那样只弄脏内衣裤。采集病史应明确是否存在便秘情况，失禁的粪便性质及量，有无心理疾病、家庭或个人应激因素。直肠指诊通常直肠壶腹是空虚的，肛门位置大小及括约肌张力正常。

    家长必须明白心理障碍、学习困难、和行为问题常常对排便有显著影响。教育和避免指责的态度是治疗方案的一部分。尚无任何药物治疗有效的确切证据。行为治疗是关键。规律的如厕训练，避免克制排便的行为，恢复正常的排便习惯，重新建立自尊是治疗的关键。