另外的原因是某些肝脏或胆囊疾病所致，因为胆汁向外排泄的渠道通常有二：一是从尿中排出，一是从肠道排出。当肝脏或胆囊患病时，胆汁排泄出现障碍，从尿中排出增多，所以尿中胆红素的含量增加而呈深黄色。正常人尿液呈淡黄色，其色素的来源是人体红细胞新陈代谢的结果。人体红细胞的寿命是120天，衰老的红细胞首先在血液中以间接胆红素的形式存在，经血液循环到肝脏后，在葡萄糖醛酸的作用下转为直接胆红素，然后经胆汁分泌排入肠腔。一部分经肠道细菌氧化形成粪胆素从大便中排出，所以大便呈黄色，另外一部分由肠道血管重吸收回肝脏，再经循环系统达到肾脏，然后以尿胆原的形式排出体外，因而尿呈浅黄色。肝炎的早期，还没有出现黄疸，即可看到尿液颜色似浓茶，这是胆红素代谢发生了障碍，往往是肝炎的一个信号。